A sign of things to come

1. Margarida 04.05.08 / 5pm
   

   Eu também quero ser Linux!
   Pedro, como é que eu faço para entrar no mundo da open source? (exceptuando deixar de usar microsoft office)
2. Pedro Silva 04.05.08 / 7pm
   

   Tu ÉS Linux miúda. Bem, GNU/Linux pelo menos. O núcleo do sistema operativo que usas (Darwin) originou como a Berkeley Software Distribution (BSD), que é open source.

   A linguagem estatística que usas para computar as tuas cenas (GNU R) é, de facto, uma versão livre de S, a sua equivalente proprietária.
3. Helena 04.05.08 / 7pm
   

   Oh meu maridinho! Q linduinho!

   E Margarida, acho q daqui a uns tempinhos podes deixar de usar microsoft office, não imaginas como as coisas estão a andar depressa no mundo do open source. Desde q tenho linux q fico surpreendida c as mudanças q assisto, é super dinâmico!
4. Isabel 04.05.08 / 8pm
   

   i’m a pc… snif
5. Margarida 04.05.08 / 8pm
   

   miuda junta-te ao grupo dos fixes e torna-te LINUX!!
6. Isabel 04.05.08 / 8pm
   

   eu não sou fixe
7. Margarida 04.05.08 / 8pm
   

   O vídeo original dos pinguins voadores da BBC está mesmo muito giro. Devo admitir que a primeira vez que vi os pinguins a voar ainda questionei se eles conseguiriam voar ou não (bem, só por uns centésimos de segundo mas já mostra o tipo de bióloga que eu sou…)
8. Pedro Silva 04.05.08 / 8pm
   

   Isabel: Experimenta o Wubi.

   É um instalador, para windows, do Ubuntu. Não precisas de queimar CDs, formatar discos, etc. Permite-te experimentar GNU/Linux em paralelo com o Windows. Se não gostares, podes simplesmente desinstalá-lo.

   Outra hipótese é queimares um Live CD (Ubuntu, por exemplo). É basicamente um sistema operativo que corre a partir de um CD. ISto permite-te experimentar GNU/Linux; se gostares, carregas num icon de instalação no Desktop, e após 25 minutos tens GNU/Linux instalado (a par do Windows, se o quiseres manter).

   Como vês, também TU podes ser fixe!

   Margarida: também me questionei por momentos –mas eu não sou biólogo!
9. Isabel 04.05.08 / 9pm
   

   no outro dia tive um aceso debate comigo mesma sobre se os pinguins são mamíferos ou aves. é que não os consigo visualizar a pôr ovos.

   até para uma não-bióloga foi um momento triste.
10. Nelson 04.05.08 / 11pm
    

    @Margarida: espera até o OpenOffice 3.0 aparecer lá para Setembro que vais ver como as coisas se têm desenvolvido no mundo dos Offices open source!

    @Isabel: espera até o Ubuntu 8.04 sair lá para 26 de Abril que até os fundadores da Microsoft vão querer ser Linux!

    @Mana: melhor publicidade ao Open Source não podia haver. a maioria das pessoas não liga aos geeks quando estes fazem publicidade ao Linux, mas com as miúdas biólogas/cientistas é outra história!

    em relação aos pinguins, aves são de certeza e penso que não é incompatível com o facto de serem mamíferos. mas eu também sou um não-biólogo!
11. Pedro 04.06.08 / 12am
    

    Ser ave não é incompatível com ser mamífero? :o
12. Nelson 04.06.08 / 12am
    

    Pois é, depois de alguma pesquisa, ao que parece a cena é mesma incompatível, ou é ave ou é mamífero!
    Excepção feita ao Morcego que é o único mamífero que voa, e ao Kiwi que é uma ave com muitas semelhanças a um mamífero!

    Logo hoje que a Wikipedia está em baixo para me tirar estas pequenas dúvidas!
    O que vale é que não sou biólogo e não deveria saber estas coisas, ou deveria?
13. vera 04.06.08 / 2am
    

    opa o Nelson, eu pensava que estavas a gozar com aves e mamiferos serem compativeis e pensei: este Nelsito e mesmo genial! O que nao quer dizer que nao te ache genial na mesma! Es do tipo conciliador: “isto todos podemos ser amigos, ave ou mamifero sao todos animais!” :)

    Em relacao a open sourse: eu tambem quero mesmo ser fixe Pedro! Ainda para mais estou agora aqui a ver o ubuntu no computador da lenita e vejo que tem potencial para a palhacada na mesma, por isso quero! que isto de opens source geek depurados de bonequinhos e animacoes era algo que nao queria!
    agora a serio, acho que o meu pc vai viajar ate essa costa..
14. Pedro 04.06.08 / 5am
    

    Fixe Verita! Aqui estarei à espera; assim o teu computas sempre faz companhia ao meu aqui na oficina…

    Não sei se já alguma vez se depararam com esta short-story, pelo Richard Stallman. Demora 5 minutos a ler, e é extremamente motivante, particularmente para a malta que tem mais contacto com os esquemas de publicação científica, rendição de direitos de autor às Elsevier, Thompson, etc.

    Aqui fica The Right to Read.
15. Nelson 04.06.08 / 3pm
    

    Pois é Vera, a dúvida instalou-se! Mas durante a minha curta pesquisa encontrei algumas explicações num site da BBC:

    “Mammals are warm-blooded and their young are looked after by one or both of the parents. The young are fed and protected and so have been able to develop specialised teeth and jaws that need time to grow. None of these features are unique to mammals, though. One other group has developed all of them independently: the birds.

    Like mammals, birds produce heat from within their bodies in order to keep their body temperature constant. To insulate themselves they have feathers - the equivalent of mammals’ fur - and because they lay eggs that need incubating, and chicks that can’t fly, most birds have some parental care. In many cases the parents feed the chicks for several weeks before they are independent, and this gives the chicks time to develop in the same way that young mammals do. Instead of having teeth, birds have developed beaks. Although much lighter, these can grow into a range of different shapes specialised for different kinds of food in just the same way as the teeth and jaws of the mammals.

    These features have allowed birds to adapt to a great variety of diets and to live in a huge range of climates, just as mammals have. The one thing they haven’t done, though, is taken on such a diversity of ways of life and the different body shapes they bring.

    Birds evolved from reptiles, probably small carnivorous dinosaurs, around 150 million years ago. Unlike the first mammals, though, they quickly became specialised for one particular way of life: flight. We are still only just beginning to uncover the earliest birds and their ancestors, but it is already clear that the birds of today have a very similar body plan to those of the past. They all have two legs and two wings, a beak and no bony tail. Even those that have lost the ability to fly and have become runners or swimmers, still, essentially, look like birds. Perhaps the basic bird body plan is simply too restrictive to allow them to become as diverse as mammals. Or perhaps mammals simply beat the birds to it.

    The first mammals evolved about 100 million years before the first birds, and so perhaps the birds have just not had the evolutionary opportunities that mammals have had. One place on Earth has acted as a test for that theory: New Zealand. Apart from marine mammals, the only native mammals on New Zealand are two species of bat, and so birds could fill every other niche. The giant herbivorous moas and the insectivorous kiwis evolved to fill the niches that elsewhere would have been taken by mammals. Even the New Zealand birds, though, do not match the diversity seen in mammals around the world.”

    De qualquer das formas descendemos todos dos repteis e isso é que interessa!
    Eu sei que algures na minha vida devo ter aprendido estas coisas, mas por alguma razão que desconheço ter-me-ei esquecido!

    P.S. Bem vinda Vera ao fascinante mundo do Open Source e do conhecimento universalmente partilhado ;)
16. Margarida 04.06.08 / 6pm
    

    Ainda bem que te temos Nélson para por a biologia em dia : )

    Pedro e Nélson quais são os programas open source que vocês mais usam ou que vocês mais recomendariam?
17. Pedro Silva 04.06.08 / 7pm
    

    Margarida: que corram em OSX, ou incluindo GNU/Linux? As seguintes recomendações correm todas em *todas* as plataformas.

    O mais importante, particularmente para escrita científica, é o LaTeX. Depois precisas de um bom editor, que compreenda LaTeX: TeXShop.

    Pessoalmente, eu o uso o emacs como editor (é um editor em linha de comandos), escrito pelo Richard Stallman. É uma máquina de escrever e editar texto, mas tem uma “learning curve” relativamente íngreme. Existe uma versão gráfica para OS X, chama-se Aquamacs. Tem muito bom aspecto! Além disso, estava a ver no site, o Aquamacs já vem com uma extensão chamada Auctex, que lhe permite editar LaTeX com muita facilidade.

    Para manipulação de gráficos em bitmaps, Gimp está cada vez melhor, e sinceramente acho que o Photoshop é agora irrelevante.

    O Inkscape é excelente para criação de gráficos de vectores (tipo svg, gráficos modelados matematicamente, que podem portanto ser expandidos infinitamente sem perca de resolução). Costumo usar esta ferramenta para criação de figuras, etc.

    Finalmente, o Open Office é uma alternativa séria ao MS Office. Não faz tudo o que o outro faz, mas francamente, a maioria das pessoas também não usam a maior parte dessas possibilidades.
18. Nelson 04.07.08 / 1am
    

    Pois bem Margarida, eu também uso bastante o Latex para os meus documentos e apresentações (a partir do Beamer). Em vez do tal emacs que o Pedro utiliza prefiro uma coisa mais simples que se chama Geany e que visualmente é muito mais apelativo!

    Para edição fotográfica, além do Gimp que o Pedro mencionou uso bastante o gThumb, o Rawstudio e UFRaw, estes dois últimos para edição de fotografia em Raw.

    Depois existem um sem número de utilitários que uso sempre numa base diária: Liferea para leitura de feeds, Nicotine que é um clone do Soulseek, Pidgin para instant messaging, Gnomad para a minha Creative Jukebox e Exaile para ouvir música e fazer scrobble para o last.fm.

    Além disto tudo existem imensas aplicações para a minha área profissional que tratam da informação geográfica e da sua apresentação gráfica.

    Todas as aplicações de que te falei só correm em Linux.
    Deixo-te aqui um link catita que dá uma ajuda na correspondência das aplicações proprietárias para open source.
19. Helena 04.07.08 / 6am
    

    oh margarida, tb podias ter perguntado aqui à leninha o q é q ela recomendava!!! eu cá tb sou linux (UBUNTU!!!!!) e tb sou fixe!!

    Olha, eles já disseram uma data de programas, mas eu acrescento mais uns qtos: LightZone, q é execelente como estúdio para tratar fotografias em RAW e o Rhytmbox p meter musiquinhas no iPOD!!! Dp tenho uma data deles p biólogos, se estiveres interessadita ;)
20. Pedro Silva 04.07.08 / 6am
    

    Embora exista para GNU/Linux (GNUX a partir de agora!), o lightzone não é open source. Continua a ser um óptimo programa.

    Olha outro programa excelente que me esqueci de mencionar: Miro Internet TV. É completamente cross-platform, open-source, criado pelo Open Source Lab na Oregon State University, e é simplesmente genial. Tem motores de busca para os youtubes todos, e, mais importante, para as TED Talks! Além disso, é uma espécie de iTunes, quero dize, Rhythmbox, para video. Vale a pena chekar, para quem não conhece.
21. Margarida 04.08.08 / 12am
    

    Eu sou mais fixe do que pensava! Eu uso o emacs para escrever os meus scripts e já planeava aprender LaTeX para escrever a minha tese.

    Vou dar uma olhadela séria aos programas que vocês sugeriram. Helena desculpa não te ter pedido conselhos também a ti. Claro que quero que me digas quais são os programas para biólogos que posso usar.

    Os programas que vocês sugeriram são apenas alternativas a programas comerciais (e portanto acabam por fazer as mesmas coisas) ou possuem vantagens em relação a estes?
22. Margarida 04.08.08 / 12am
    

    Nélson em vez do pidgin eu uso o Adium, conheces?
23. Margarida 04.08.08 / 12am
    

    Oops, o Adium é a alternativa Pidgin para Macs… é oficial, mesmo sem fazer de propósito sou mesmo fixe ;)
24. Nelson 04.08.08 / 3am
    

    Ora bem, em relação à pergunta se os programas que uso possuem vantagens em relação aos equivalentes proprietários, vou tentar responder de uma forma específica e de outra mais lata.

    Comparando o Latex ao Microsoft Word, sinceramente para mim só há vantagens, uma das coisas que mais me dava volta à cabeça num processador de texto comum (Writer do Openoffice incluido) era a formatação! Com o Latex este tipo de tarefas são irrelevantes, pois é só acrescentar um comando aqui e ali no código que a formatação é aplicada a todo o documento sem grandes chatices. Já para não falar no aspecto muito mais profissional com que a coisa fica!

    Se usas folhas de cálculos, o Spreadsheet do Openoffice não fica nada atrás do Openoffice, talvez haja uma ou outra opção de funções ou gráficos que ainda não exista mas é uma questão de tempo até aparecer. Se costumas usar um utilitário de iterações tipo “solver” ou de estatística tipo “analysis toolpack” existem muitas outras soluções que o fazem.

    Há uma máxima na comunidade open source em relação ao funcionamento dos programas criados que é a seguinte: “do one thing, and do it well”, por isso existem inúmeros pequenos programas altamente optimizados para uma tarefa específica em vez de grandes e pesadas aplicações que assam morcelas e grelham peixe-espada!

    No que diz respeito à fotografia, como o Pedro disse o GIMP não fica nada atrás do Photoshop, talvez hajam algumas funcionalidades que não existam no GIMP mas essa falha é sempre colmatada pelas centenas de plugins que existem escritos para o programa.

    Talvez a maior falta que sinto no ambiente Linux é da existência de um bom programa de desenho CAD tipo Autocad! Existem algumas alternativas mas sou-te sincero, não chegam nem aos calcanhares do grande Autocad.

    Respondendo agora de uma forma mais lata, acho que o modo geral do funcionamento de um sistema Linux é bastante melhor que o Windows ou Mac. Dou-te o exemplo dos updates, tanto no Windows como no Mac tu fazes o update do sistema separadamente dos diversos programas que tens instalados (pois estes tens que os actualizar um a um), no Linux como a coisa é baseada num gigantesco repositório remoto de pacotes, quando fazes um update ele sincroniza todos os pacotes do teu computador com o tal repositório fazendo assim a actualização simultânea do sistema e de todos os programas que tens instalados nesse momento.

    Bem, muito mais há a ser dito mas agora já é um pouco tarde aqui em PT para me alongar mais! Amanhã dou continuidade a isto!
25. Pedro 04.08.08 / 6am
    

    Não tinha reparado que usavas o emacs Margarida! +1000 xp (experience points, just in case) em nerdiness para ti…

    Exemplo de uma tese em LaTeX, em http://www.ctan.org/tex-archive/macros/latex/contrib/classicthesis/.

    Exemplo de uma tese em LaTeX, conforme o estilo requerido pelo departamento de matemática da U. Chicago em http://www.math.uchicago.edu/~public/easychithesis/.

    O LaTeX, bem como o emacs, são únicos, creio. A qualidade de typesetting disponível em LaTeX está a milhas de qualquer outra coisa. O emacs, combinado com o Auctex (vê acima), e particularmente se já tens a curva de aprendizagem para trás, é a tua melhor opção.

    Não sei de nenhum editor de gráficos de vectores como o Inkscape. É mesmo fantástico.

    Pessoalmente, prefiro o interface do Gimp; mais arrumado, menos “slick” que o Photoshop, que me lembra demasiado o, perdão, Vista! Como não uso o programa profissionalmente, ou mesmo regularmente, não posso comentar na funcionalidade comparada com a do Photoshop. Cheira-me que é a mesma coisa, menos a vantagem do hábito.

    O Miro é similar ao iTunes; no entanto, indexa conteúdos de qualidade licenciados sob Creative Commons, etc.

    O OpenOffice é a mesma coisa que o MS Office. As diferenças não estão no produto final, mas sim na familiaridade do interface e natureza proprietária e sujeita a patentes do MS Office. Para ser honesto, cada vez acho mais o conceito de processador de texto, gestor de slides, e (embora menos) folha de cálculo irrelevantes.

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